W wojsku polskim Czarniecki służył najprawdopodobniej od 1621, gdy jego bracia wrócili ze służby cesarskiej. Zapewne brał udział w wojnie z Turcją w tymże roku, prawdopodobnie brał udział w bitwie pod Chocimiem, potem w odpieraniu najazdów tatarskich w kolejnych latach. Później walczył pod komendą Stanisława Koniecpolskiego w czasie kampanii pruskiej 1626–1629 w wojnie polsko-szwedzkiej (1626–1629). Był wówczas towarzyszem (być może chorążym, jak twierdzi Jan Chryzostom Pasek)Jan Chryzostom Pasek, Pamiętniki, oprac. Władysław Czapliński, Wrocław – Warszawa – Kraków 1968. w chorągwi kozackiej dowodzonej przez swego brata, Pawła. Paweł Czarniecki był doświadczonym, utalentowanym oficerem, któremu Koniecpolski często powierzał samodzielne zadania. Właśnie pod okiem brata Stefan Czarniecki zdobył znaczącą część swych wojskowych kwalifikacji, m.in. brał udział w 1624 roku w bitwie pod Martynowem. Lata 1630–1632 spędził prawdopodobnie w służbie cesarskiej (możliwe, że w szeregach chorągwi lisowskiej). Następnie uczestniczył w kampanii smoleńskiej w czasie wojny polsko-rosyjskiej (1632–1634), w której po raz pierwszy wystąpił w stopniu oficerskim, jako porucznik (od 1633) chorągwi kozackiej hetmana polnego koronnego Marcina Kazanowskiego. De facto Czarniecki stał się dowódcą tej chorągwi.