Nagrodzony został Medalem Goethego (1991) oraz Nagrodą Humboldta (1994). Wymienia się go jako jednego z czołowych greckich intelektualistów XX wiekuObok takich postaci jak: Kostas Akselos, Nikos Poulantzas, Nikos Sworonos i Kornilios Kastoriadis (zob. Pente oikoumenoikoi Ellines stochastes, 2014, Ekdoseis ton syntakton)..
Zmarł nagle z powodu powikłań związanych z przebytym ostrym zawałem serca 11 lipca 1998 roku. Jego biblioteka, licząca około 5000 tytułów, mieszcząca się w domu w Politei w Atenach, została podarowana przez jego siostrę, Melpo, Uniwersytetowi Arystotelesa w Salonikachhttps://www.lib.auth.gr/en/kondylis-panagiotis-collection..
Najważniejsze prace Do najważniejszych książek Kondylisa należą: Die Entstehung der Dialektik. Eine Analyse der geistigen Entwicklung von Hölderlin, Schelling und Hegel bis 1802. Stuttgart: Klett-Cotta, 1979. Die Aufklärung im Rahmen des neuzeitlichen Rationalismus. Stuttgart: Klett-Cotta, 1981. Macht und Entscheidung. Die Herausbildung der Weltbilder und die Wertfrage. Stuttgart: Klett-Cotta, 1984. Marx und die griechische Antike. Heidelberg: Manutius-Verlag 1987. Theorie des Krieges. Clausewitz – Marx – Engels – Lenin. Stuttgart: Klett-Cotta, 1988. Die neuzeitliche Metaphysikkritik. Stuttgart: Klett-Cotta, 1990. Der Niedergang der bürgerlichen Denk- und Lebensformen.