W 1838 IMHA została przekazana pod bezpośredni zarząd Ministerstwa Wojny, a zarządzanie nią powierzono Departamentowi Osiedli Wojskowych. W 1842 akademia przeszła pod nadzór Wojskowej Rady Lekarskiej. W 1881 roku IMHA przekształcono w wojskową szkołę medyczną, której celem było kształcenie lekarzy dla wojska i marynarki wojennej.
W latach 1862–1900, akademia wykształciła 8090 lekarzy dla armii i marynarki.
Na początku XX wieku liczba studentów w akademii wynosiła rocznie około 1000, a liczba absolwentów wahała się od 127 do 240 rocznie. W latach 1900–1914 szkołę ukończyło łącznie 2130 osób, a w 1915 wszystkich 970 studentów ze wszystkich kierunków wysłano przedterminowo do wojska. W latach 1910–1911 absolwenci i studenci akademii brali udział w likwidacji epidemii dżumy mandżurskiej.
Imperatorska Wojskowa Akademia Medyczna posiadała uprawnienia akademii nauk, co dało Konferencji akademii prawo nadawania tytułu akademika.
Po upadku carskiej Rosji rolę uczelni przejęła Wojskowa Akademia Medyczna im. S.M. Kirowa.