Po śmierci Scappi, Rada Zwyczajna Zakonu św. Jana zamknęła szpital, ale bez niego nie było sposobu na zapobieganie rozprzestrzenianiu się chorób wenerycznych ani ich leczenie, więc szpital został ponownie otwarty w 1659. Szpital został odnowiony, aby zwiększyć liczbę łóżek, osiągając 230 łóżek do 1786. Zaczęto przyjmować pacjentów chorych psychicznie, a także przypadki położnicze, a w końcu dzieci. Podczas II wojny światowej budynek szpitala został zniszczony.
Testament Scappi zawiera dalsze darowizny: założyła bezpłatne schroniska dla kobiet i przekazała meble, pieniądze, ubrania i uposażenia. Scappi posiadała niewolnicę, Giulianę, którą zleciła uwolnić po swojej śmierci. Pozostawiła dalsze spuścizny wielu kobietom, m.in. Caterinie Doneo, córce malarza Francesca Doneo, i Lucrezii Montano, córce prawnika Palermino Montano.