Po okresie studiów w Kenneszrin, Tomasz z Harkel został mnichem w klasztorze Tar’il, niedaleko Aleppo, a następnie - biskupem Mabbug. Pozbawiono go godności biskupiej przed 602 r. n.e., w okresie, w którym Domicjan (ok. 550-602) - krewny cesarza Maurycjusza (582-602) i chalcedoński metropolita Melitene (obecnie: Malatya w Turcji) – rozpoczął prześladowania miafizytów (początek: 598/599 r. n.e.).
W trakcie prześladowań Tomasz wraz z innymi biskupami (być może m.in. z biskupem Pawłem z Telli) przebywał na wygnaniu w koptyjskim zespole klasztornym Enaton, który znajdował się w Egipcie, w odległości około 9. mil od Aleksandrii (Michał Syryjczyk, Kronika, ks. X, rozdz. 23). Źródła historyczne nie podają, czy po śmierci Domicjana Tomasz wrócił z wygnania, choć miał ku temu możliwość, gdyż Persowie najechali wówczas bizantyjski Wschód i zmusili do ucieczki biskupów chalcedońskich, patrząc jednocześnie łaskawym okiem na zwolenników miafizytyzmu oraz Kościoła Wschodu (Grzegorz Bar Hebraeus, Chronicon Ecclesiasticum, t. I, kol. 265;