W przeciwieństwie do wszystkich niemal członków swojej drużyny, w tym również dwukrotnie drugiego na Tourze Alexa Zülle – Virenque przez długi czas zaprzeczał ze łzami w oczach jakimkolwiek zarzutom stawianym jego osobie.
Tymczasem we Francji wszczęto śledztwo, a następnie rozpoczęto proces w sprawie dopingu w Festinie. Ci kolarze, którzy szybko przyznali się do przyjmowania środków dopingowych otrzymali od swych federacji kilkumiesięczne dyskwalifikacje, których okresy pokończyły się do maja 1999 roku. Natomiast „przekonany o swej niewinności” Virenque mógł nadal startować, przynajmniej do czasu zakończenia sprawy sądowej. Niemniej w swej ojczyźnie nie był mile widziany przez rodzime władze, decydentów francuskiej federacji kolarskiej i organizatorów z Societe du TdF. Dlatego też niezmieniając obywatelstwa postarał się o szwajcarską licencję zawodową, zaś pracę znalazł we włoskiej grupie Polti prowadzonej przez dyrektora Gianluigi Stangę. Nowym szefom szybko się odwdzięczył podczas najważniejszego dla nich wyścigu czyli Giro d’Italia. Wyścig ten wygrał w dramatycznych okolicznościach jego kolega z drużyny Włoch Ivan Gotti, zaś sam Virenque (czternasty w „generalce”) okazał się najlepszy na etapie trzynastym w Appeninach z metą w Rapallo.