W czasie okupacji hitlerowskiej w Zakładzie Sierot, z narażeniem życia, zakonnice ukrywały przed niemieckim okupantem 10 żydowskich dzieci. Niektóre z nich skierował tutaj Wydział Opieki Społecznej Zarządu Miejskiego w Warszawie, przy zaangażowaniu Jana Dobraczyńskiego, członka konspiracyjnej Rady Pomocy Żydom (Żegoty), który w tym celu przyjeżdżał do Chotomowa.
Podczas okupacji działała w Chotomowie konspiracyjna szkoła podoficerska. Jednym z jej absolwentów był Stanisław Sierawski (promocja 1942).
1 i 3 sierpnia 1944 na terenie Chotomowa akcje zbrojne przeprowadziła Armia Krajowa. W wyniku działań wojennych w dużym stopniu został zniszczony kościół parafialny i budynek Domu Dziecka im. Ojca Świętego Piusa XI.
W 1983 zakończono rozpoczętą w 1978 rozbudowę remizy ochotniczej straży pożarnej.
W latach 2010–2012 wybudowano nad przebiegającą przez wieś linią kolejową Warszawa–Gdynia wiadukt samochodowy.
W październiku 2016 siostry służebniczki obchodziły 90-lecie działalności na rzecz sierot w Chotomowie. Przyjmuje się, że w całym tym okresie opiekę w prowadzonym przez nie zakładzie otrzymało około tysiąc dzieci. thumb|240px|Front budynku Domu Dziecka im. Ojca Świętego Piusa XI w Chotomowie (2017)
W latach 1954–1959 wieś należała i była siedzibą władz gromady Chotomów, po jej zniesieniu w gromadzie Jabłonna.