Sam termin „autonomia strategiczna" po raz pierwszy pojawił się w dokumentach UE w 2003 roku w kontekście polityki kosmicznej, a w 2006 roku Parlament Europejski zdefiniował go w obszarze bezpieczeństwa i obrony jako „zdolność prowadzenia operacji w ramach swoich uprawnień i niezależnie od innych partnerów". W lipcu 2013 roku Komisja Europejska po raz pierwszy zdefiniowała autonomię strategiczną w komunikacie o sektorze obronności jako „możliwość decydowania i działania, nie będąc zależną od potencjału stron trzecich". W grudniu tego samego roku pojęcie znalazło się w konkluzjach Rady Europejskiej (EUCO 217/13) w kontekście rozwoju europejskiej bazy technologiczno-przemysłowej sektora obronnego.
mały|Państwa członkowskie PESCO (2017) W 2016 roku autonomia strategiczna została wpisana do , a w 2017 roku wzmocniona poprzez utworzenie stałej współpracy strukturalnej (PESCO) oraz . Z czasem pojęcie zaczęto stosować poza obszarem bezpieczeństwa, przede wszystkim w polityce gospodarczej i energetycznej. W 2020 roku Komisja Europejska wprowadziła pojęcie „otwartej autonomii strategicznej", by uniknąć skojarzeń z izolacjonizmem i protekcjonizmem.