Dzięki poparciu Honorata Koźmińskiego w 1896 został przełożonym generalnym zgromadzenia. Przystąpił wówczas do jego reorganizacji oraz spisał jego reguły. Efektem tych działań było wyodrębnienie nowej wspólnoty – Zgromadzenia Synów Matki Bożej Bolesnej (tzw. dolorystów), którego został współzałożycielem i pierwszym przełożonym generalnym. Zgromadzenie to działało głównie na terenach zaniedbanych religijnie i społecznie, prowadząc walkę z analfabetyzmem oraz organizując kursy rzemieślnicze dla ubogich.

W 1897 wstąpił do Zgromadzenia Braci Mniejszych Kapucynów, przyjmując imię zakonne Antoni Maria. Rozpoczął studia teologiczne, m.in. w warszawskim seminarium duchownym. Po złożeniu ślubów wieczystych otrzymał święcenia kapłańskie 18 lipca 1899.

Podczas studiów teologicznych zetknął się z modernizmem katolickim, co wzbudziło w nim wątpliwości dotyczące tradycyjnych form wiary. W jakiś czas później po ostrym zapaleniu płuc zdiagnozowano u niego dalsze komplikacje;