Po trafieniu do jednostek liniowych odkryte zostały drgania końcówek skrzydeł w określonych warunkach. Podczas prób nurkowania doprowadziły one do zniszczenia skrzydła. Dwuosobowa załoga zginęła - Jean Roubaty i Hans Enderli. Samoloty skierowano do fabryki w celu przebudowy skrzydeł. Wzmocniono ich konstrukcje, a lotki otrzymały dodatkowe wyważenie. Zmieniony został obrys płata z elipsy na trapez, co zmniejszyło rozpiętość z 15,1 do 13,74 metra. W ten sposób pozbyto się zjawiska flatteru.
Mimo że pierwsze już wyprodukowane i oddane do użytkowania maszyny wymagały modyfikacji skrzydeł, nie zakłóciło to produkcji nowych samolotów w nowym standardzie C-3603-1. Do końca 1942 roku wyprodukowano 51 samolotów, a w 1943 roku przekazano kolejnych 59. W 1944 roku dostarczonych zostało 41 maszyn. Samoloty ostatniej serii produkcyjnej w liczbie 50 samolotów o numerach od C-511 do C-552 została poddana zmianom względem poprzedniej. Zamontowano nową sprężarkę pod silnikiem Szydlowski-Planiol, która podwyższyła moc silnika do 1250 KM. Prędkość samolotu wzrosła do 500 km/h. Zamontowano w wale również działko FM-K 38 z większym zapasem amunicji z 106 do 118 naboi. W sierpniu 1944 roku dostarczono ostatni samolot seryjny Produkcję zakończono na liczbie 151 sztuk z zamówionych 150.