Właśnie w Katipunanie zaangażował się w działalność niepodległościową. Był jednym z założycieli , fakcji w łonie Katipunanu skupionej wokół i uznającej faktyczne przywództwo Emilia Aguinaldo. Grupa ta działała w prowincji Cavite. O władzę i wpływy rywalizowała z fakcją Magdiwang, pod przywództwem oraz . Na swoją siedzibę wybrała Kawit. Jej nazwa zresztą odzwierciedlała regionalne konotacje, nawiązując do biblijnej Marii Magdaleny, patronki tego właśnie miasta. W przypadku obu fakcji widoczne są silne powiązania klanowe, istotne w filipińskim życiu politycznym nawet współcześnie, zatem przeszło 120 lat po wybuchu rewolucji filipińskiej. Mariano Alvarez był bowiem wujem Gregorii de Jesus, żony Andresa Bonifacio, jednego z twórców Katipunanu.
Rewolucja filipińska i kariera rządowa Symboliczny początek rewolucji filipińskiej, w krajowej historiografii znany jako (pierwszy okrzyk), z końca sierpnia 1896 dał Baldomero oraz jego towarzyszom sygnał do chwycenia za broń. Powstańcy w Cavite odnieśli większe sukcesy niż ich towarzysze broni w Manili oraz innych częściach kraju. Do końca września 1896 udało się im w zasadzie kompletnie wyeliminować jednostki hiszpańskie stacjonujące w tej właśnie prowincji.