Baldomero bowiem, jako wyższy urzędnik odpowiedzialny za nadzór rewolucyjnego wymiaru sprawiedliwości, zatwierdził wyrok skazujący na Andrésa Bonifacio oraz jego brata Procopia na śmierć. Proces zakończony tą właśnie decyzją był kulminacją narastającego od miesięcy konfliktu o przywództwo w łonie filipińskich sił powstańczych, z którego zwycięsko wyszedł właśnie konsekwentnie popierany przez Baldomero Emilio.
Uczestniczył w formowaniu się niezależnego filipińskiego porządku prawnego jako jeden ze współautorów i sygnatariuszy konstytucji z Biyak-na-Bato, z 1 listopada 1897. Brał udział we wczesnych pracach ogólnokrajowego rządu. 2 listopada 1897 został mianowany pierwszym ministrem finansów. Jego podpis widniał również pod paktem z 14 grudnia 1897, zawartym między Hiszpanami a rewolucjonistami. Wkrótce później, bo 27 grudnia 1897, udał się na dobrowolne wygnanie do Hongkongu. Po powrocie do kraju ponownie wszedł w skład rządu. 15 lipca 1898 został powołany na stanowisko ministra wojny oraz robót publicznych. Piastował je do 1899, zapewniając prezydentowi Aguinaldo polityczną kontrolę nad armią.