Jako jeden z najistotniejszych przywódców Magdalo Baldomero zainicjował utworzenie takiego właśnie lokalnego rządu, który w imieniu jego fakcji przejął władzę na zdobywanych na kolonizatorach terytoriach. 16 listopada 1896 wydał okólnik powołujący w jego skład między innymi jako ministra wojny. Rzeczywiste wpływy powołanego przezeń do życia organizmu ograniczały się do wschodniej części prowincji Cavite. W październiku 1896 formalnie stanął natomiast na czele Magdalo. W grudniu 1896 powierzono mu obowiązki sekretarza zgromadzenia zwołanego pod przewodnictwem Andresa Bonifacio na hacjendzie w Imus. Jego głównym celem miało być połączenie rządów czy też rad Magdalo oraz Magdiwang w jedno ciało wykonawcze.
Aguinaldo był jednym z uczestników tak zwanej (22 marca 1897). Uznaje się ją za pierwsze, choć niemające charakteru powszechnego, wybory prezydenckie w historii Filipin. Baldomero poparł w nich nieobecnego na samych obradach Emilia Aguinaldo jako przyszłego szefa rządu rewolucyjnego oraz przywódcę rewolucji filipińskiej. Cieszył się zresztą stale dużym zaufaniem kuzyna. Ich więź była na tyle silna, że Emilio początkowo uważał, iż Baldomero lepiej sprawdzi się jako głowa państwa, oraz rozważał poparcie właśnie jego kandydatury. Współpraca krewniaków obejmowała także kwestie wyjątkowo delikatnej natury.