Nowi gospodarze wyposażyli kościół m.in. w ołtarz boczny, w którym zachował się do dziś obraz Świętej Rodziny, namalowany w 1632 przez gdańskiego malarza Adolfa Boya (1612–1680). Z tego czasu pochodzi obraz Marii Magdaleny, z niewiele późniejszego – konfesjonał. We dworze powstała kaplica. W 1661 w kościele pochowano jezuitę o. Walentego Korzykowicza.
thumb|Ołtarz w kościele w Czapielsku thumb|Kapliczka przydrożna przy ul. Słonecznikowej thumb|Kapliczka przydrożna przy skrzyżowaniu W czasie wojny północnej przemarszom obcych wojsk przez Polskie ziemie towarzyszyły zniszczenia i rabunki. W 1703 okolice zostały splądrowane przez Szwedów, którzy zmusili jezuitów do zapłacenia z Czapielska, Dybowa i Brodsacku (Chlebówki) kontrybucji w wysokości 5460 zł. W 1704 zażądali mniej – 3750 zł plus dodatkowo 1300 zł w naturze. W 1709 wymęczonych wojną mieszkańców dopada zaraza. W Czapielsku umiera m.in. Sebastian Ropalowski. Po przejściu plagi następuje okres względnego spokoju. W kościele pojawia się nowy ołtarz główny, a na zewnątrz kolumna z popiersiem św. Ignacego Loyoli. Poniżej przy drodze, umieszczono figurę Ecce Homo z inskrypcją: "Nieśmiertelnemu Bogu, w ciele śmiertelnem cierpiącemu, Jezusowi Chrystusowi, Królowi Boleści, Roku od cierniowej koronacyi 1696. Wdzięczność ludzka wystawiła 4 Maia Roku 1729".