Grunty – nędzne piaski i glina – w najlepszych latach dawały zaledwie 1-1,5 ziarna plonu (na pobliskich Żuławach 6-7). Żyto zbierano z 240 morgów (1 mórg = 0,56 ha), jęczmień z 74, owies i groch z 2 razy po 20, siana 20 fur. Stado liczyło 12 krów, 250 owiec i 10 świń. Dochód z gospodarki rolnej wynosił 10-50 talarów rocznie (w żuławskich Gemlicach 450). Browar i gorzelnia przynosiły straty, tartak, połów ryb w jeziorze i hodowla w stawie ledwie pokrywały własne potrzeby.
Władze pruskie "uwolniły" klasztor od kłopotów kasując go i odbierając majątki. Część z nich przekształcono w królewskie domeny, resztę wypuszczono w emfiteutyczną (dziedziczną) dzierżawę. W 1789 rozróżniano już Czapielsko Wielkie (Gross Czapielken) i Małe Czapielsko(Klein Czapielken) – 1,3 km na północny wschód od Wielkiego. Kolejnymi dzierżawcami byli: w 1797 Jan Dawid von Chagnan, w 1798 Henryk von der Goltz, w 1805 Jan von Duisburg, w 1809 Korneliusz Neuman, w 1816 Ernest Peterschen.
W 1819 wyremontowano kościół. Czapielsko Wielkie wraz z mlecznym gospodarstwem Nowy Dwór obejmowało 620 ha gruntów. W 25 domach mieszkało 246 osób.