W XIX w. klasztor zajęły wojska napoleońskie. W 1834 roku nastąpiła kasata zakonów, przy czym wprowadzający ją dekret zastrzegał, że klasztory żeńskie zostaną zlikwidowane dopiero po śmierci ostatniej zakonnicy. W Santa Clara-a-Nowa nastąpiło to w 1891. Dzięki staraniom biskupa Manuela Correia de Bastos Pina wobec rządu Portugalii, Bractwo Świętej Królowej Izabeli stało się w 1896 roku prawowitym właścicielem pomieszczeń klasztornych: kościoła, krużganków, budynków hospicjum i domu gościnnego. Północna część klasztoru oraz pozostałe tereny zostały przekazane Zgromadzeniu św. Józefa z Cluny na utworzenie tam kolegium misyjnego, które działało tam aż do powstania Republiki. mały|257x257px|Krużganki klasztorne W 1910 roku klasztor został zaklasyfikowany jako pomnik narodowy. W tym samym roku, na prośbę Ministerstwa Wojny, dom gościnny, a później dwa chóry i krużganki, zostały wydzierżawione portugalskiej armii. Zostały one zwrócone bractwu w 2006 roku w złym stanie technicznym.
Stan obecny W klasztorze odbywa się Biennale w Coimbrze (port. A Bienal de Coimbra), będące inicjatywą Koła Sztuk Plastycznych w Coimbrze (port. Círculo de Artes Plásticas de Coimbra), we współpracy z Radą Miasta Coimbra i Uniwersytetem w Coimbrze. Impreza odbyła się po raz pierwszy w 2015 r.