Ciągłe powodzie, którym poddawany był pierwotny klasztor, uniemożliwiły jego użytkowanie. W 1647 roku król Jan IV nakazał zakonnicom opuszczenie go. W 1649 roku, na pobliskim wzgórzu, obok istniejącej tam kaplicy rozpoczęto prace budowlane nad nowym klasztorem, którego projekt przygotował João Turriano, benedyktyński zakonnik, naczelny inżynier królestwa i profesor matematyki na Uniwersytecie w Coimbrze. Według wyraźnych wytycznych króla kaplica główna miała być okazała, aby mogła pomieścić groby królewskie. Przewidziano także budowę przyległego budynku, połączonego z pomieszczeniami klasztornymi, przeznaczonego dla członków rodziny królewskiej. W 1677 roku ukończono budowę kilku budynków klasztornych i wtedy wprowadziły się tam ostatnie zakonnice. Przeniesiono tam także ze starego klasztoru grobowiec królowej Izabeli. Kościół ukończono i konsekrowano w 1696 roku.
W następnych wiekach klasztor był rozbudowywany i ozdabiany. W 1733 roku powstał główny krużganek, zbudowany przez Węgra Carlosa Mardela, sfinansowany przez Jana V Portugalskiego.