Ponieważ funkcja celu zawiera iloraz, a programowanie liniowe wymaga funkcji liniowej, przekształcamy (linearyzujemy) model: ustalamy mianownik funkcji celu (czyli ważone wejście) na stałą wartość, np. 1. Wówczas maksymalizujemy sam licznik.
Nowa (liniowa) postać problemu optymalizacyjnego wygląda następująco:
Funkcja celu:
Ograniczenia: Jednostka 1: Jednostka 2: Jednostka 3: Warunek normalizacyjny (stała suma ważonych nakładów): Nieujemność:
Rozszerzenia Dążenie do ulepszenia metody DEA poprzez ograniczenie jej wad lub wzmocnienie zalet było jedną z głównych przyczyn rozwoju nowych metod w tej dziedzinie. Obecnie najczęściej stosowaną metodą opartą na DEA, pozwalającą uzyskać jednoznaczne rankingi efektywności, jest tzw. analiza krzyżowej efektywności (ang. ). Początkowo opracowana przez Sextona i in. w 1986 roku, znalazła szerokie zastosowanie po publikacji Doyle'a i Greena w 1994 roku. Cross-efficiency bazuje na wynikach klasycznej analizy DEA, ale wprowadza drugorzędny cel optymalizacji, w ramach którego każda jednostka DMU dokonuje oceny pozostałych jednostek przy użyciu własnych wag. Średnia z tych ocen (tzw. oceny rówieśnicze – ) jest następnie używana do wyliczenia krzyżowego wskaźnika efektywności dla każdej jednostki.