Wstępny projekt budowy nowej fasady przedstawiono w 1481. Ostateczny plan, autorstwa Joosa Metsysa, zatwierdzono w 1505, a w 1507 wmurowano kamień węgielny pod jej budowę. W 1524 Metsys sporządził kamienny model planowanej fasady, eksponowany w południowym ramieniu transeptu. Planował on dwie boczne wieże o wysokości 136 metrów i najwyższą, centralną, wysoką na 168 metrów. Budowę przerwano w 1541 z powodu niestabilnego podłoża i kłopotów finansowych, po osiągnięciu wysokości 50 m. W 1570 część konstrukcji zawaliła się, a w 1613 obniżono ją do obecnej wysokości ze względów bezpieczeństwa. W latach 1726–1727 wzniesiono nową, barokową sygnaturkę, na której zainstalowano carillon.

W 1797 kapituła została rozwiązana przez administrację francuską, a XIX wieku borykająca się z problemami finansowymi wspólnota zmuszona była sprzedać część wyposażenia. W 1833 wyremontowano lektorium, w latach 1851–1867 odrestaurowano zachodnią część kościoła, a w 1860 rozpoczęto usuwanie tynków z wnętrza świątyni. Podczas kolejnej renowacji z lat 1890–1913, kierowanej przez , podwyższono przypory i łuki przyporowe, dekorując je niszami na rzeźby i żabkami. Ściany naw bocznych zwieńczono z kolei maswerkową balustradą. W 1900 w kaplicy bocznej pw. św. Anny odkryto XV-wieczny fresk z przedstawieniem dwunastu aniołów.