W czasie wojny trzynastoletniej mieszczanie Chełmna podejmowali starania u króla Kazimierza Jagiellończyka celem powiększenia terytorium miasta o wieś Czarże z przyległościami, co zakończyło się jednak niepowodzeniem. W 1466 na mocy traktatu toruńskiego cała Ziemia Chełmińska została wcielona do Królestwa Polskiego, jako fragment Prus Królewskich. Na przełomie XV i XVI w. w Czarżu istniała własność królewska zarządzana przez podkomorzego chełmińskiego, nabyta w 1532 przez Laurintusa Knopfa obywatela Torunia i dobra szlacheckie, od 1570 w użytkowaniu szlachcianki Anny Wolskiej. Jej majątek obejmował 6 chłopów, 8 zagród i karczmę, a poza tym dobra w Boluminie, Nawrze, Trzebczu Szlacheckim i Żyglądzie.
W 1611 część wsi Czarże nabyły siostry benedyktynki dla ich klasztoru w Chełmnie za 1300 złotych polskichW tym czasie dzięki posagowi ksieni Magdaleny Mortęskiej, benedyktynki nabyły również m.in. Pień, Janowo, Wałdowo Królewskie i Czemlewo. Po 1619 roku czarżańskie dobra benedyktynek powiększono o część majątku szlacheckiej rodziny Wolskich. Zbudowano tu w 1621 przytułek dla ubogich oraz szkołę parafialną (1626). Resztą wsi zarządzał od 1626 roku starosta bratiański Paweł Jan Działyński, późniejszy wojewoda pomorski, który posiadał również dobra we wsiach: Gzin, Borki, Dębowiec, Słończ i Jarzębiec.