W latach 1603–1612 powstała murowana świątynia pw. św. Stanisława Biskupa oraz wzniesiona w stylu późnorenesansowym willa włoska wraz z zespołem fortyfikacji bastionowej. Sprowadzając ogrodników z Flandrii, Henryk Firlej założył ogrody, które swojego czasu uchodziły za jedne z najpiękniejszych w Polsce. Miasto dostało też nowy herb, który pozostaje w niezmienionej formie do dzisiaj.
W okresie powstania styczniowego na terenie Czemiernik toczyły się walki płk. Adama Zielińskiego z oddziałami rosyjskimi. 13 stycznia 1870 r. pozbawiono Czemierniki praw miejskichPostanowienie z 19 (31) grudnia 1869, ogłoszone 1 (13 stycznia) 1870 (Dziennik Praw, rok 1869, tom 69, nr 239, s. 471).. W II połowie XIX wieku miejscowość była własnością Edwarda Raczyńskiego. W latach 90. XIX w. odziedziczył ją Karol Roger Raczyński aż do roku 1944. Był on ostatnim właścicielem dóbr Czemiernickich.
W 1918 r., po odzyskaniu niepodległości, Czemierniki stały się siedzibą gminy. Cały teren gminy (11 sołectw i 22 wioski) zamieszkuje ok. 7400 osób.