Po wybuchu wojny w 1939 r., przez okoliczne tereny przeszły oddziały wojskowe kawalerii generała Zygmunta Podhorskiego, stanowiące skład Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Polesie” generała Franciszka Kleeberga. Od 7 do 13 września 1939 r. w pobliskiej leśniczówce przebywała żona marszałka Rydza-Śmigłego. Bardzo szybko na terenie Czemiernik zorganizowały się oddziały partyzanckie, już w 1940 r. sformowały się oddziały Armii Krajowej i Batalionów Chłopskich. W tym samym czasie Niemcy stworzyli getto dla ludności żydowskiej, oraz dokonali szeregu bestialskich mordów zarówno na ludności polskiej, jak i żydowskiej. Między innymi w 1942 roku rozstrzelanych zostało 36 Żydów, a w 1943 r. 35 Polaków i Żydów podejrzanych o pomoc partyzantom.

W lipcu 1944 roku Czemierniki zdobyły wojska sowieckie. W sierpniu 1944 r. rozpoczął funkcjonować Polowy Punkt Ewakuacyjny nr 3 (PPE nr 3)Składał się z komendy i oddziałów – ewakuacyjnego, leczniczego i kwatermistrzowskiego., którego komendantem był mjr Leon Gecow. W składzie PPE nr 3 działała wojskowa komisja lekarska i w ramach tej działalności oraz na podstawie rozkazu dowódcy 2 Armii WP sformowano bazę szpitalną, w tym w dniu 9 grudnia 1944 r. powstał Chirurgiczny Polowy Szpital Ruchomy nr 12.