Po okresie napoleońskim, w 1815 roku, wskutek postanowień kongresu wiedeńskiego, ziemia dobrzyńska z Czernikowem weszła w skład Królestwa Polskiego pod panowaniem Imperium Rosyjskiego (zabór rosyjski), administracyjnie znajdując się w granicach powiatu lipnowskiego należącego do guberni płockiej. W latach 1863–1864 (podczas powstania styczniowego) w okolicach Czernikowa miały miejsce potyczki polskich powstańców z wojskami rosyjskiego zaborcy, czyli wojskami carskimi. Po upadku powstania styczniowego nasiliła się rusyfikacja tych terenów wskutek represji popowstańczych. W 1915 roku, podczas I wojny światowej, administracja rosyjska z wojskami rosyjskimi opuściły teren Czernikowa i nastąpiło wkroczenie Niemców. W 1918 roku Czernikowo odzyskało upragnioną niepodległość i stało się częścią odrodzonego państwa polskiego, zostało włączone do województwa warszawskiego. W 1939 roku, po niemieckiej agresji na Polskę, Czernikowo zostało przyłączone do Rzeszy, a ludność polska zaznała prześladowań, wywózek oraz mordów. W okolicy działała jednak polska partyzantka. W styczniu 1945 roku do wsi wkroczyły oddziały Armii Czerwonej, co zakończyło okres okupacji niemieckiejhttps://www.czernikowo.pl/1138,historia.
Do 1956 roku Czernikowo było częścią powiatu lipnowskiego.