Większość budynków skupiona jest wokół placów A i C, ale są one słabo zachowane. Plac A rozciąga się w zachodniej części miasta i stanowi kompleks ceremonialny, na który składa się kilka piramid (tzw. Struktury 16–20 oraz 22). Przy każdej z nich odkryto stele i ołtarze. Badacze przypuszczają, że w obrębie tego kompleksu znajdowały się grobowce władców. Plac od reszty miasta oddziela tzw. Struktura 45 pełniąca prawdopodobnie funkcję mieszkalną. Elewację budowli pokrywała okładzina z wapienia o różnych odcieniach, co podkreślało dekoracyjne detale reliefów.
W południowej części zlokalizowany jest Plac C. Archeolodzy przypuszczają, że to kompleks mieszkalny elit. Charakteryzuje się niewysokimi budowlami o wielokondygnacyjnych tarasach i wewnętrznym dziedzińcem otoczonym krużgankami. Odkryto również kanały odprowadzające wodę, co dowodzi zaawansowanych rozwiązań inżynieryjnych. Służyły one nie tylko dla wygody mieszkańców, ale też chroniły fundamenty przed wilgocią.
Historia Badania archeologiczne wskazują, że Machaquilá powstała około 250 roku n.e.