we wczesnym okresie klasycznym, gdy wzniesiono pierwsze platformy i niewielkie świątynie.
Szczyt rozwoju przypadł na okres klasyczny, między VI a IX wiekiem n.e., gdy miasto rozrosło się do co najmniej dziewięciu placów ceremonialnych otoczonych piramidami, pałacami i licznymi stelami. Najważniejsze inskrypcje, w tym dotyczące panowania lokalnej dynastii pochodzą z IX wieku n.e. i dokumentują polityczne powiązania z ośrodkami takimi jak Cancuén czy Dos Pilas.
Ostatnie daty zawarte na stelach wskazują, że miasto zostało opuszczone ok. 900 roku n.e., kiedy to zaprzestano wznoszenia nowych monumentów i użytkowania placów ceremonialnych.
Odkrycie i badania Około 1958 roku geolog Alfonso Escalante z Union Oil Company w trakcie badań geologicznych natknął się na rzeźbione kamienie. Jednak pierwszej szczegółowej dokumentacji archeologicznej dokonał brytyjski majanista Ian Graham, który dotarł do Machaquilá w maju 1961 roku i rozpoczął badania struktur oraz inskrypcji. Udokumentował ponad dwadzieścia stel i ołtarzy za pomocą fotografii i rysunków.
Szkice planów architektonicznych i sprawozdanie, które przygotował opublikowane zostały w czasopiśmie Expedition Magazine wydawanym przez Muzeum Archeologii i Antropologii Uniwersytetu Pensylwanii.