Krótko po rozpoczęciu rozwoju wznowionego serialu skontaktował się z nimi Winderbaum i byli podekscytowani, że Marvel zdecydował się na bezpośrednią kontynuację ich serii.
Serial jest pierwszym projektem X-Men od Marvel Studios odkąd odzyskali prawa filmowe i telewizyjne do postaci od 20th Century Fox, co wywarło dodatkową presję na DeMayo, aby projekt został dobrze zrealizowany. Podczas rozwoju projektu, prezes Marvel Studios, Kevin Feige rozważał zintegrowanie serialu z Marvel Cinematic Universe podczas rozwoju. Jednak zamiast tego X-Men ’97 ,wzorem poprzednika, dział się w tym samym uniwersum co inne wydane w latach 90. XX wieku animowane seriale na podst. komiksów Marvel Comics, tj. Iron Man (1994–1996), Fantastyczna Czwórka (1994–1996), Spider-Man (1994–1998), Incredible Hulk (1996–97) i Srebrny Surfer (1998). Winderbaum powiedział, że X-Men ’97 będzie kontynuował tradycję oryginalnej serii, polegającą na pojawianiu się epizodycznych postaci z w/w seriali.