W styczniu 1943 roku wystąpił z policji i pracował jako robotnik w placówce na Pradze. W lutym 1943 roku ukrywał się po „aryjskiej stronie”, gdzie używał nazwiska Grabiński. Ukrywał się razem z Ludwikiem Hirszbergiem, któremu pomógł również opracować wspomnienia. Rozpoczął również pisanie własnego pamiętnika, który ukończył w kwietniu 1944 roku. Pamiętnik Gombińskiego składał się z dwóch części: Ale glajcht. Ulice ghetta oraz Czyściec. Władze ghetta, opisujących historię getta oraz instytucje i urzędników. Prawdopodobnie przetrwała kopia pamiętnika wykonana w maszynopisie w Centralnej Żydowskiej Komisji Historycznej, przy jej spisaniu używał pseudonimu Jan Mawult. Wydanie wspomnień planowano w 1946 roku, ukazały się one jedynie we fragmentach w „Biuletynie Żydowskiego Instytutu Historycznego” w 1967 roku oraz w Pamiętnikach z getta warszawskiego. Fragmentach i regestach w 1993 roku. Pełna edycja wspomnień Gombińskiego została wydana w serii Biblioteka Świadectw Zagłady w opracowaniu Marty Janczewskiej.
Po powstaniu warszawskim trafił do obozów przejściowych w Pruszkowie i Ożarowie. Po śmierci Hirszberga w powstaniu warszawskim, związał się z jego żoną, Różą oraz adoptował ich dzieci.