W tym samym roku został oddelegowany do Pskowa w celu szpiegowania Puszkina. Kiedy na mocy traktatu adrianopolskiego utworzono marionetkowe państwo wołosko-mołdawskie, w latach 1829–1830 został wiceprzewodniczącym jego dywanu w Bukareszcie. W latach 1830–1831 towarzyszył de Wittowi w pacyfikacji powstania listopadowego. W czasie powrotu zmarł w Barze Podolskim. Jako przyczynę śmierci podano gorączkę. Plotek o jego zabójstwie nie potwierdzono.
Działalność przyrodnicza Był przyrodnikiem amatorem szczególnie zainteresowanym botaniką. W 1815 roku podjął botaniczną wyprawę na niedawno przyłączone do Rosji tereny krajów bałtyckich, Białorusi i Ukrainy. Jej efektem były dzienniki „Дневные записки путешествия А.Бошняка в разные области западной и полуденной России” wydane w dwóch tomach w latach 1820 i 1821. W 1820 roku został członkiem . W 1826 roku wydał przegląd rosyjskich ogrodów botanicznych „Отечественные записки”. Po jego śmierci towarzystwo odkupiło jego zielnik i bibliotekę, w tym 335 niepublikowanych kolorowych ilustracji botanicznych. Oprócz 254 okazów zielnikowych otrzymało 70 pudełek z preparatami owadów. Jego zbiory trafiły do .