Odkrycie i badania Pierwsze wzmianki o El Baúl zaczęły pojawiać się w końcu XIX wieku, jednak jego odkrycie przypisuje się brytyjskiemu archeologowi Alfredowi Percivalowi Maudslayowi, który sporządził pierwszą dokumentację. Podczas ekspedycji do południowo-zachodniej Gwatemali, przeprowadzonej w latach 1895–1899, sporządził pierwsze szczegółowe opisy, rysunki i fotografie stanowiska. Wyniki tych badań opublikował w tomie Antiquities będącego częścią encyklopedii Biologia Centrali-Americana (1889–1902).
W latach 30. XX wieku brytyjski badacz John Eric Sidney Thompson przeprowadził pierwsze badania stratygraficzne datując rozwój miasta. Swoje wyniki opublikował w czasopiśmie American Antiquity, w którym przedstawił chronologię ceramiczną i powiązania głównych ośrodków regionu Cotzumalhuapa.
Po II wojnie światowej prace kontynuowali badacze z Gwatemalskiego Instytutu Antropologii i Historii. Rozpoczęto wówczas serię badań powierzchniowych i stratygraficznych, w ramach których analizowano układ akropolu, sieć dróg i umocnienia obronne.