W latach 1997–2001 pod kierownictwem Oswaldo Chinchilla Mazariegosa przeprowadzono wykopaliska m.in. na akropolu badając kamienne platformy, systemy drenażu oraz ceramikę. Ponadto zidentyfikowano obronny charakter tarasów oraz zrekonstruowano sieć komunikacyjną między El Baúl, Bilbao i El Castillo. Rezultaty prac przedstawiono na XI Sympozjum Badań Archeologicznych w Gwatemali w 1998 roku.
Sztuka thumb|Rzeźba jaguara lub pumy
Jedną z najbardziej charakterystycznych cech kultury Cotzumalhuapa jest sztuka z El Baúl, która na tle Mezoameryki wyróżnia się realizmem i bogactwem szczegółów. Postacie ludzkie przedstawione są z niezwykłą dbałością o proporcje, anatomię i mimikę. Wiele scen ukazuje biegnących wojowników, tancerzy, sceny walki oraz rytuały. Same reliefy natomiast, często ukazują historię w kilku „kadrach” na jednej kamiennej płycie, co jest rzadkością w sztuce Majów. Styl z El Baúl rozprzestrzenił się na wybrzeżu Pacyfiku i wyżynach Gwatemali, docierając do zachodniego Salwadoru.
W mieście powstawały także monumentalne ołtarze i rzeźby, czasem przedstawiające postacie w maskach lub hełmach.