Polski dyżurny ruchu Alfons Runowski pracujący w Szymankowie, zaalarmowany dużym opóźnieniem pociągu, fragmentem meldunku z Kałdowa i zaginięciem jednego z inspektorów celnychKtóry prawdopodobnie wówczas już został zastrzelony., zauważył nierozpoznany ciemny pociąg. Zdecydował podać na semaforze wjazdowym sygnał „stój” i zablokować szlak przelotowy przez przerzucenie zwrotnicy na ślepy tor. Pociąg najpierw stanął, lecz po chwili zignorował semafor, w efekcie wjeżdżając na ślepy tor. Wówczas Runowski nakazał zablokować mu wyjazd, przerzucając z powrotem zwrotnicę. Równocześnie do budynku dworca wkroczyli lokalnych bojówkarze z SA. Ich celem było opanowanie punktu celnego i obezwładnienie przebywających tu Polaków. Polscy załoganci zdążyli powiadomić telefonicznie Tczew o niebezpieczeństwie i wystrzelić czerwoną flarę sygnalizacyjną.
Wściekli oporem i opóźnieniem Niemcy zaczęli napadać i zabijać Polaków w Szymankowie – w miejscach pracy i w mieszkaniach. Inspektorzy Stanisław Szarek i Ignacy Wasielewski, którzy wystrzelili flarę, zostali zabici zaraz po jej wystrzeleniu ok. godziny 4.30. W sumie w zbrodni zginęło 21 osób, 13 kolejarzy, 5 inspektorów celnych, jeden oficer wywiadu i dwie kobiety (w tym jedna w ciąży). Kilka osób zostało rannych.