Ten czas to wielki rozkwit miasta, otoczonego murami z pięcioma dużymi bramami oraz licznymi przedmieściami. Malaga była wówczas najważniejszym portem na południowym wybrzeżu dzisiejszej Hiszpanii. Po rozpadzie kalifatu Umajjadów stała się stolicą niewielkiej taify pod panowaniem berberyjskiej dynastii Hammudi. W 1237 r., po upadku Almohadów, wraz z innymi miastami regionu dostała się we władanie grenadzkich Nasrydów i stała się stolicą jednej z trzech prowincji zwanych coras – Rajja. Królestwo zaludnione było wówczas przez muzułmanów i tzw. trybutariuszy, tj. ludność nieislamską, ale płacącą podatki. W Maladze szczególnie licznie reprezentowani byli genueńczycy, obdarzeni zresztą licznymi przywilejami. Miasto było wówczas centrum rzemiosła stoczniowego, tkactwa i handlu afrykańskim złotem.
thumb|left|Mury miejskie Malagi, które w 1487 były szturmowane przez chrześcijan thumb|Arena corridy Pod koniec XV w. katoliccy królowie Hiszpanii postanowili skończyć z muzułmańskim królestwem na Płw. Iberyjskim. Malaga upadła w 1487 r. W przeciwieństwie do innych, zdobytych wcześniej twierdz broniła się zaciekle, toteż po jej zdobyciu królowie wzięli do niewoli wszystkich żywych mieszkańców miasta. Pięć lat później padła Grenada i ta data uznawana jest za koniec rekonkwisty.