Na pamiątkę zwycięstwa w Maladze wzniesiono klasztory de la Victoria (zwycięstwa) i de la Trinidad (Trójcy Św.).

Malaga katolicka pełniła ważną funkcję handlową po odkryciu Nowego Świata. W XVII w. rozpoczął się jednak powolny upadek miasta. Spory wpływ miało na to wygnanie Morysków po edykcie z 1609, a także epidemie oraz klęski żywiołowe, które regularnie nawiedzały miasto – głównie powodzie wywołane przez Guadalmedinę.

24 sierpnia 1704, podczas wojny o sukcesję hiszpańską doszło do bitwy morskiej pod Malagą.

14–15 października 1810, podczas wojen napoleońskich doszło do zwycięskiej obrony nieodległej twierdzy w Fuengiroli – 30 km na południowy zachód od Malagi wzdłuż wybrzeża, dowodzonej przez kpt. Franciszka Młokosiewicza siłami 4 Pułku Piechoty Księstwa Warszawskiego przed korpusem brytyjskim lorda Blayneya.

Kryzys zaczął przechodzić w XVIII stuleciu, a już w XIX rozpoczął się kolejny okres rozwoju miasta. Malaga szybko stała się jednym z najintensywniej rozwijających się miast Hiszpanii. Na zachodzie miasta powstały liczne zakłady przemysłowe, rozbudował się port, a w mieście osiedlili się liczni handlowcy z Kastylii i zagranicy. We wschodniej części miasta zbudowano wówczas liczne wille i hotele w stylu belle époque.