Planowano również przebudowę kompleksu w stylu barokowym, lecz z powodu ciągłego zagrożenia tureckimi najazdami i związanymi z tym faktem problemami finansowymi nie doszła ona do skutku.
13 maja 1782 placówka została zsekularyzowana przez cesarza Józefa II Habsburga, a siedzibę diecezji przeniesiono do Grazu. Zasoby biblioteki i liczne dzieła sztuki zostały zrabowane, a wiejski kościół parafialny, romański kościół św. Jakuba, rozebrano. Jedna trzecia kompleksu popadła w ruinę.
W 1875, w okresie Kulturkampfu, wspólnota mnichów została wygnana z opactwa benedyktynów św. Marcina w Beuron w dzisiejszej Badenii-Wirtembergii. Mnisi przybyli do Austro-Węgier na zaproszenie cesarza Franciszka Józefa I i osiedlili się w klasztorze Emaus w Pradze. W 1883 zakupili oni zabudowania klasztorne w Seckau i po 101 latach reaktywowali placówkę. 26 maja 1886 zawaliła się północna wieża kościoła, która uszkodziła sąsiednie skrzydło klasztorne. W 1887 bp ogłosił podniesienie klasztoru do rangi opactwa za zgodą Stolicy Apostolskiej, pierwszym opatem został . W 1893 ukończono odbudowę dwuwieżowej fasady w stylu neoromańskim.