W 1860 roku miejscowy urzędnik Pedro de Anda, oczyszczając teren pod plantację kawy natknął się na pierwsze ruiny i monumenty. Później do swoich własności dołączył kolejny kawałek ziemi, a około 1890 roku nazwę plantacji przemianował z Finca Peor es Nada na Finca Bilbao. W 1957 roku nazwę całej posiadłości zmieniono na Finca Las Ilusiones, jednak nazwa Bilbao pozostała określeniem stanowiska archeologicznego.
W 1863 roku austriacki lekarz Siméon Habel, wykonał rysunki niektórych rzeźb, które w 1878 roku opublikował Smithsonian Institution. W 1876 roku Adolph Bastian z Muzeum Królewskiego w Berlinie zawarł umowę z Andą na eksplorację oraz przewiezienie części monumentów do muzeum. Łącznie wywieziono 31 zabytków, z czego osiem stanowiły dobrze zachowane stele przedstawiające graczy podczas gry w piłkę.
W 1882 roku Eduard Seler opublikował opis rzeźb z Bilbao, które znalazły się w Muzeum Królewskim, a w latach 1895–1897 wraz z żoną Caecilie Seler-Sachs odwiedzili Bilbao, która wykonała odlewy niektórych zabytków oraz wykonała fotografie.
W latach 1962–1963 badacze z Milwaukee Public Museum oraz Saint Paul Science Museum pod kierownictwem archeologa Lee Parsonsa przeprowadzili wykopaliska, podczas których przeprowadzili szczegółowe badania terenu, sporządzili mapy i układ stanowiska oraz zinwentaryzowali 76 zabytków.