Działalność związkowa Negrete był aktywnym działaczem na rzecz praw pracowniczych w przemyśle rozrywkowym. Był jednym z założycieli Sindicato de Trabajadores de la Producción Cinematográfica (STPC) oraz wieloletnim liderem Asociación Nacional de Actores (ANDA). Jako sekretarz generalny ANDA walczył o poprawę warunków pracy aktorów i pracowników technicznych, często wchodząc w konflikty z producentami i establishmentem politycznym.
Życie prywatne Artysta był dwukrotnie żonaty. Jego pierwszą żoną była tancerka Elisa Christy, z którą miał jedyną córkę, Dianę Negrete. Po rozwodzie, przez ponad dekadę pozostawał w nieformalnym, lecz szeroko opisywanym przez media związku z aktorką Gloria Marín, która była jego partnerką w wielu filmach.
18 października 1952 roku poślubił María Félix, ówczesną ikonę kina meksykańskiego. Uroczystość ta, nazwana przez prasę „weselem stulecia” („la boda del siglo”), była transmitowana przez radio i zgromadziła tłumy fanów oraz celebrytów.
Śmierć Jorge Negrete od lat 30. cierpiał na przewlekłe schorzenie wątroby, będące następstwem wirusowego zapalenia wątroby (prawdopodobnie typu C), którego nabawił się w młodości.