W tym samym roku awansował na stanowisko adiunkta pełniąc jednocześnie funkcję zastępcy kierownika Zakładu Hodowli, Oceny Odmian i Szkółkarstwa Roślin Sadowniczych, w latach 1976–1984 był kierownikiem tego Zakładu, a w latach 1985–2000 kierował Zakładem Oceny Odmian i Szkółkarstwa Roślin Sadowniczych.
Pracę habilitacyjną pt. „Wpływ podkładek i wstawek na wzrost i owocowanie jabłoni w warunkach klimatycznych Środkowej Polski” obronił w 1982 roku, uzyskując stopień naukowy doktora habilitowanego nauk rolniczych w zakresie sadownictwa i szkółkarstwa. Tytuł naukowy profesora nauk rolniczych otrzymał w 1994 roku. Wypromował dwóch doktorów. W latach 1995–1999 był członkiem Rady Naukowej ówczesnego Instytutu Sadownictwa i Kwiaciarstwa.
Badania naukowe W latach 60. ub. wieku w Zakładzie kierowanym przez profesora Alojzego Czynczyka prowadzono badania nad opracowaniem metod produkcji zdrowego (wolnego od wirusów) materiału szkółkarskiego na potrzeby krajowego sadownictwaCzynczyk A., 1995: New apple rootstocks from the Polish breeding program. Compact Fruit Tree, vol. 28, 68-76.. Wyniki tych prac wdrażano sukcesywnie do praktyki. W latach 70. ub. wieku, z inicjatywy prof. Czynczyka założono w Polsce pięć pierwszych sadów zraźnikowych na potrzeby produkcji wolnego od chorób wirusowych materiału szkółkarskiego.