Albin Głowacki szacował, że w latach 1939–1941 przez sowieckie więzienia i łagry przeszło co najmniej 90–100 tys. obywateli II Rzeczpospolitej, z czego około 60% stanowili Polacy. Autorzy opracowania Represje sowieckie wobec Polaków i obywateli polskich oceniają, że liczba obywateli II Rzeczpospolitej aresztowanych przez NKWD na Kresach Wschodnich sięgnęła 110 tys. Rosyjski historyk Aleksandr Gurjanow szacował ją na 108–112 tys. Krzysztof Jasiewicz jest z kolei zdania, że liczba aresztowanych była wyższa niż wskazywałyby na to sowieckie dane oficjalne i mogła sięgnąć nawet 150 tys.
Organizacja systemu więziennictwa na terenach okupowanych thumb|Strefy interesów ZSRR i III Rzeszy na terytorium II Rzeczypospolitej zgodnie z ustaleniami traktatu o granicach i przyjaźni z 28 września 1939 W ramach sowieckiego aparatu bezpieczeństwa za sprawy więziennictwa odpowiadał Zarząd Więziennictwa NKWD ZSRR (). Od 26 lutego 1941 roku na jego czele stał kapitan bezpieczeństwa państwowego Michaił Iwanowicz Nikolski. W kwietniu 1941 roku Zarząd Więziennictwa zatrudniał 123 osoby.