Jeszcze bardziej „poważne przypadki” kierowano do więzień w stolicach republik ZSRR (Kijów, Mińsk) lub do innych dużych więzień „republikańskich” (np. w Dniepropietrowsku lub Mikołajowie). Więźniowie najbardziej interesujący z punktu widzenia NKWD trafiali natomiast do więzień moskiewskich: Łubianki i Butyrek.
Po przybyciu do więzienia aresztanci byli poddawani szczegółowej, najczęściej upokarzającej rewizji, podczas której odbierano im praktycznie wszystkie przedmioty osobiste. Formalnie trafiały one do więziennego depozytu, jednak możliwość ich późniejszego odzyskania była w praktyce mocno ograniczona. Więźniów często golono do gołej skóry, kierowano do kąpieli i poddawano oględzinom lekarskim. Miały miejsce przypadki, gdy w więzieniach osadzano młodocianych w wieku 12–14 lat, a także kobiety z małymi dziećmi, a nawet niemowlętami, aresztowane na przykład za „naruszenie socjalistycznej dyscypliny pracy”.