Klasztor został splądrowany podczas wojny trzynastoletniej, poniesiono również straty gospodarcze i demograficzne. Za kadencji Georga I Malla przebudowano prezbiterium oraz dobudowano kaplicę św. Anny i zakrystię. Jego następca, Dominikus Vent, rozebrał jedno ze skrzydeł klasztornych i wzniósł na jego miejscu nowe, barokowe. Cały kompleks przebudowano w stylu rokokowym za czasów prepozyta Gelasiusa Morharta (kadencja 1748–1768). Działali tu tacy artyści, jak Matthäus Günther, i Franz Xaver Feuchtmayer.
Pod koniec XVIII wieku klasztor zubożał z powodu złego zarządzania finansami i popadł w długi. Sytuacja ta była pretekstem do rozwiązania klasztoru przez księcia elektora Karola IV Teodora, który w 1783 roku zlikwidował go z przyczyn politycznych. Majątek został przejęty przez kapitułę działającą przy kościele Najświętszej Marii Panny w Monachium. W 1784 do zabudowań klasztornych wprowadziły się monachijskie salezjanki, które w 1831 roku przeniosły się do Dietramszell. W 1856 osiedliły się tu siostry szarytki, które założyły tu dom opieki dla dzieci biednych i osieroconych.