Kowalewicz był autorem ponad 80 prac naukowych, w tym kilkunastu książek, głównie z zakresu średniowiecznej literatury polsko-łacińskiej i średniowiecznej liryki religijnej. Publikował w takich czasopismach jak Analecta Cracoviensia, Biblioteka, Eos, Muzyka, Pamiętnik Literacki, Ruch Biblijny i Liturgiczny czy Slavia Occidentalis. Współpracował z filologiem klasycznym i mediewistą, Marianem Plezią, z Władysławem Kuraszkiewiczem, a także z Mirosławem Korolką czy Mirosławem Perzem. Z tym ostatnim opracował teksty do edycji zabytków muzyki polifonicznej polskiego średniowiecza. Wspólnie z Antonim Gąsiorowskim pracował nad szóstym tomem Kodeksu dyplomatycznego Wielkopolski.
Oprócz wyżej wspomnianych, do ważniejszych jego dzieł zaliczyć należy Najstarsze historie o częstochowskim obrazie Panny Maryi: XV i XVI wiek, Kolędy polskie: średniowiecze i wiek XVI (tom 1: Teksty) oraz Polskie pieśni pasyjne: średniowiecze i wiek XVI (tom 1: Teksty i komentarze). Kowalewicz współtworzył też Słownik starożytności słowiańskich, do którego napisał 10 haseł. Ważne jest jego studium poświęcone Historii Trzech Króli.