Równolegle wykładał filozofię i literaturę na Wydziale Artium jako profesor, uczestnicząc w dysputach publicznych i życiu intelektualnym uniwersytetu. Jego pozycja w środowisku była na tyle silna, że wielokrotnie obejmował prestiżową funkcję dziekana Wydziału Filozoficznego – w 1542 roku, w semestrze letnim 1551, w semestrze letnim 1554 oraz w semestrze zimowym 1555/1556. Dziekanat oznaczał kierowanie wydziałem, przewodniczenie egzaminom i sprawowanie pieczy nad dyscypliną akademicką, co potwierdzało jego autorytet naukowy i organizacyjny.
Studia medyczne we Włoszech Około połowy lat 50. XVI wieku Feliks podjął decyzję o studiach medycznych, co wymagało od niego wieloletniego kształcenia za granicą. Studiował najpierw w Krakowie pod kierunkiem tamtejszych mistrzów, a następnie wyjechał do Włoch, będących w ówczesnej Europie centrum medycyny akademickiej i renesansowej nauki. Kształcił się na słynnym Uniwersytecie Padewskim (ok. 1555–1558), jednym z najważniejszych ośrodków studiów medycznych, gdzie wykładali wybitni anatomowie i lekarze epoki.