Zabalsamowane ciało złożono początkowo w krypcie kościoła pojezuickiego w Solurze, a następnie w 1818 roku przewieziono do Krakowa i pochowano w krypcie na Wawelu.
Ekspozycja Zbiory muzealne są prezentowane w trzech pomieszczeniach. Zgromadzono w nich osobiste pamiątki po Kościuszce, obrazy oraz grafiki z nim związane. Sercem ekspozycji jest alkowa z wiernie zrekonstruowanym łóżkiem, na którym zmarł Kościuszko. W sypialni umieszczono kopię tego łóżka oraz szereg oryginalnych obrazów, w tym słynną „Przysięgę Kościuszki na Rynku w Krakowie” autorstwa Wojciecha Kossaka. W saloniku znajduje się symboliczna urna z brązu wykonana przez Wincentego Trojanowskiego dla Mauzoleum Kościuszki w Muzeum Polskim w Rapperswilu – kopia oryginału, który do 1927 roku zawierał serce Naczelnika.
Do zachowanych pamiątek należą dwa siodła do jazdy konnej, dwie kabary na pistolety, szachownica, złoty zegarek oraz złoty pierścień pamiątkowy z 1794 roku z włosami Naczelnika. Muzeum posiada dwa popiersia wykonane z natury w 1800 roku przez Pankracego Eggenschwitera – pierwsze przedstawiające Kościuszkę w todze rzymskiej, drugie Pierre’a Zeltnera, gospodarza domu.