Podczas II wojny światowej został 26 kwietnia 1940 roku ponownie powołany do służby w szkolnictwie lotniczym. Służył jako dowódca klucza w Omskiej Wojskowej Szkole Lotniczej Pilotów w Omsku na Syberii, awansując 15 kwietnia 1941 roku do stopnia kapitana. 31 maja 1943 roku został przeniesiony na stanowisko dowódcy eskadry do 16 Zapasowego Pułku Lotniczego w Kirowbadzie, prawdopodobnie w celu nabrania praktyki przed kolejnym przydziałem.
W tym czasie zapadła w ZSRR decyzja formowania z obywateli polskich tzw. ludowego Wojska Polskiego, podporządkowanego komunistom. W związku z niedoborem oficerów i kadry technicznej (którzy zostali zamordowani podczas zbrodni katyńskiej lub ewakuowani na zachód z armią gen. Andersa), do Wojska Polskiego oddelegowano oficerów i specjalistów z Armii Czerwonej, z których część tylko miała różne związki z polskością. Wśród nich 12 lipca 1943 roku do 1 Dywizji Piechoty im. T. Kościuszki został przydzielony Wacław Kozłowski, jako pierwszy dowódca i organizator jej 1 samodzielnej eskadry lotnictwa myśliwskiego. Ze wspomnień wynikało, że Kozłowski był energicznym organizatorem eskadry, znał dobrze język polski, identyfikował się z polskością i chciał wrócić z wojskiem do Polski;