W latach 1631 i 1642 Szwedzi dwukrotnie odnieśli zwycięstwo nad siłami Świętego Cesarstwa Rzymskiego w bitwach pod Breitenfeld, które od 1999 jest dzielnicą Lipska. W pierwszej połowie XVII w. miasto odwiedził późniejszy król Polski, Jan Sobieski. W latach 1680–1681 z powodu epidemii zmarło ok. 3000 mieszkańców miasta. W 1683 r. Lipsk połączono traktem pocztowym z Wolnym Miastem Norymbergą. W 1693 r. został oddany do użytku gmach opery.
mały|lewo|Lipsk w XVIII wieku W okresie unii polsko-saskiej w mieście kwitł wówczas handel polskimi towaramiAndrzej Jezierski, Cecylia Leszczyńska, Historia gospodarcza Polski, Wydawnictwo Key Text, Warszawa 2003, s. 89–90. .. W 1697 r. wznowiono odprawianie nabożeństw katolickich w Lipsku. W 1698 r. w lipskiej mennicy rozpoczęto bicie tymfów i szóstaków. Za panowania królów Polski Augusta II Mocnego i Augusta III Sasa bito tu polskie srebrne monety, a w 1749 wybito tu także partię miedzianych szelągów, po czym ich produkcję przeniesiono do Gubina. W 1700 miasto przeszło z kalendarza juliańskiego na gregoriański. Także w 1700 powstała w Lipsku wspólnota francuskich hugenotów, a wspólnota katolicka rozpoczęła starania o utworzenie kaplicyhttps://web.archive.org/web/20160303134107/http://research.uni-leipzig.de/agintern/uni600/ug126.htm..