Panokseon miał co najmniej dwa pokłady, tak że wioślarze byli oddzieleni od marynarzy obsługujących działa na wyższym pokładzie. Najczęściej podawana jest liczba 125 marynarzy załogi. Wysokie nadburcia i częściowe zadaszenie pokładu chroniło przed pociskami ciskanymi stromotorowo i utrudniało abordaż. Wysoki kasztel zapewniał bezpieczne miejsce dla dowódcy. Sławniejszy geobukseon, wersja rozwojowa panokseonu, różnił się brakiem kasztelu, zamiast którego cały pokład był zakryty dachem.
Do żeglugi na otwartym morzu wykorzystywano żagle. Panokseony miały dwa maszty, a konstrukcja żagli dawała im dużo lepsze możliwości manewrowe od ówczesnych okrętów japońskich. Do manewrowania w wąskich przestrzeniach i w czasie walki służyły wiosła, przy czym miały one raczej funkcję pomocniczą, a okręty szły do walki pod żaglami. Wioseł było stosunkowo niewiele, 20–30 (na dużych jednostkach), każde obsługiwane przez 2–5 ludzi.