W filmie Variety Girl (1947) San Juan zagrała rolę Amber La Vonne, aspirującej aktorki pragnącej zrobić karierę w Hollywood. Jej numer „He Can Waltz” był kulminacyjnym punktem tego filmu. Zagrała również w obu wersjach (radiowej i filmowej) produkcji Duffy’s Tavern (film).
Po zakończeniu współpracy z Paramount Pictures San Juan przeszła do studia Universal Pictures. Zagrała główną rolę u boku Donalda O'Connora w musicalu Are You with It? (1948). W filmie One Touch of Venus (1948) zagrała u boku Avy Gardner i Eve Arden, wykonując wspólnie trzyosobowy utwór „That's Him”. Film oparty na sztuce Kurta Weilla i Ogden Nasha został poddany znacznym cięciom i zmianom. W tym samym roku zagrała w komedii The Countess of Monte Cristo z łyżwiarką figurową Sonja Henie, gdzie zagrała filmową statystkę podającą się za arystokratkę. Ostatnim znaczącym filmem San Juan w latach 40. była komedia westernowa The Beautiful Blonde from Bashful Bend (1949) w reżyserii Preston Sturgesa, w którym zagrała u boku Betty Grable jako jej przyjaciółka.
Broadway