Stowarzyszenie firmowane przez Krzaklewskiego rozliczyło zebrany fundusz (część pieniędzy pomogła sfinansować powstanie statku, reszta przeznaczona została na indywidualną pomoc stoczniowcom: wypłacenie pożyczek, zapomóg). Komitet przy Radiu Maryja żadnego rozliczenia nie ogłosił co do pieniędzy zdeponowanych na subkoncie Radia Maryja dla Stoczni.
Bolesław Hutyra nie został dopuszczony przez Rydzyka do liczenia pieniędzy wpływających na subkonto Radia Maryja w toruńskim oddziale PKO BP. Wielokrotnie żądał od redemptorysty informacji o stanie konta. Do księdza Rydzyka i innych osób związanych z Radiem Maryja wysyłał listy, na które nie otrzymywał odpowiedzi. Jednocześnie jeździł do Torunia, ale dyrektor radia nie przyjmował go. Złożył więc skargę do biskupa Frankowskiego i do zakonnego przełożonego dyrektora radia o. Edwarda Nocunia. Środowisko związane o. Rydzykiem przestało z nim współpracować, krytykowało jego działalność. Niektórzy członkowie Komitetu Ratowania Stoczni Gdańskiej mówili o współpracy Hutyry z WSI. W związku z powstałą sytuacją sam odszedł z kierownictwa komitetu. We wrześniu 1998 wniósł do sądu pozew o ochronę dóbr przeciwko kpt. ż.w. Zbigniewowi Sulatyckiemu. Sąd Rejonowy w Gdańsku sprawę oddalił do czasu powstania Instytutu Pamięci Narodowej.