Z czasem jego działalność rozszerzyła się na Tivat, Perast i Herceg Novi, jednak siedziba główna zawsze mieściła się w Kotorze.

W 1420 roku ze względu na zagrożenie ze strony Imperium Osmańskiego Kotor poddał się pod protektorat Republiki Weneckiej. Z 26 czerwca 1463 roku pochodzi najstarszy zachowany statut Marynarki. Określał on, że bractwu przewodziła rada członków, zaś władzę wykonawczą stanowił zarząd, w skład którego wchodził gastald, dwóch syndyków i trzech prokuratorów. Rolą stowarzyszenia było pielęgnowanie tradycji morskich, szkolenie młodych marynarzy, a poprzez organizację pomocy biednym i chorym pełniło ono również rolę społeczną i humanitarną. Organizacja miała monopol na żeglugę i handel morski, więc osoby w niej niezrzeszone nie mogły podejmować tych działalności.

Częścią Bokeljskiej mornaricy był dowodzony przez admirała komponent wojskowo-morski, którego zadaniem była obrona wód zatoki przed obcymi wojskami i piratami, przygotowywanie i utrzymywanie załóg okrętów wojennych oraz uczestnictwo w walkach prowadzonych przez flotę wenecką. Admirał Marynarki był jednocześnie kapitanem portu, a od XVI wieku także gastaldem. Żeglarze zrzeszeni w Bokeljskiej mornaricy walczyli m.in.