w bitwie pod Lepanto w 1571 roku oraz brali udział w VI, VII i VIII wojnie wenecko-tureckiej.
thumb|left|Członek bractwa w tradycyjnym stroju i z historyczną bronią (2023) Komponent wojskowo-morski przetrwał aż do upadku Republiki Weneckiej w 1797 roku, kiedy to miasto i region zatoki stały się częścią Monarchii Habsburgów, a działalność Bokeljskiej mornaricy została zakazana. W okresie wojen napoleońskich funkcjonowanie organizacji było na przemian przerywane i wznawiane. W 1833 roku decyzją władz austriackich Bokeljska mornarica została reaktywowana, ale wyłącznie jako zrzeszenie zawodowe, bez komponentu militarnego i zwierzchnictwa nad kotorskim portem. Jednak już w 1848 roku organizację ponownie zdelegalizowano z powodu zaangażowania jej członków w walki w okresie wiosny ludów. W 1859 roku założono w Kotorze nieformalne stowarzyszenie obywatelskie Plemenito tijelo Bokeljske mornarice odwołujące się do tradycji średniowiecznego bractwa, zajmowało się ono jednak niemal wyłącznie organizowaniem obchodów Dnia Świętego Tryfona.